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研究队伍
姓 名:
 黄宇
性 别:
 男
职 称:
 研究员
学 历:
 博士
电 话:
 021-50806600
传 真:
 
电子邮件:
 yuhuang@simm.ac.cn
个人主页:
http://www.yfish.org/
通讯地址:
 上海市浦东新区海科路501号 201203
简历:

  团队网站:http://www.yfish.org/

  在精准医学大背景下,团队的研究主题是药物基因组学和个性化药物开发。我们与药物所同事合作,在临床病人、PDX、细胞株等不同层面收集大量的组学和药物反应数据,应用前沿的单细胞测序技术,开发先进的人工智能数据挖掘方法,揭示药物与基因间的关系、驱动癌症的基因突变、肿瘤异质性和耐药机制,加速个性化药物的开发和上市。

  加入药物所之前,黄宇2010年在计算生物鼻祖Prof. Michael Waterman创建的南加州大学计算生物系获得生物信息/群体遗传博士学位。曾任加利福尼亚大学洛杉矶分校1000个黑脸猴(Vervet)基因组博士后,后任美国Illumina 公司生物信息科学家。入选2015年中国科学院“百人计划”,2016年中组部“青年千人”计划,现任上海药物所研究员、课题组长。

  在美国Illumina公司期间,从事开发DNA甲基化BaseSpace(云计算)-App 及其应用到检测癌症取得一系列科研成果;在Vervet基因组工作期间,共同研制出第一个非人灵长类群体基因资源,第一个复杂系谱Trait Mapping;其中第一个非人类GWAS研究成果2010年发表在Nature上。截止2015年初,共发表SCI论文超过15篇,其中第一作者4篇,累计引用超过1800,h-index=13。

  教育经历:
  2003.8 - 2010.10 美国南加州大学,生物信息,博士
  1999.9 - 2003.7 复旦大学,生物科学,学士

  工作经历:
  2015.05 - 至今 上海药物研究所,研究员,研究组长
  2014.04 - 2015.05 Illumina Inc. 圣地亚哥,生物信息科学家
  2010.11 - 2014.04 加利福尼亚大学洛杉矶分校,博士后


研究方向:
1.药物基因数据库。
2.生物信息方法:药物biomarker发现、疾病risk预测、细分优化人群、大数据-based治疗方案推荐方法。
3.个性化药物开发: Biomarker/靶标发现、组学层面细分和优化药物目标病人群体、研究耐药机制。

专家类别:
研究员;百人计划;青年千人

职务:
课题组长

科研成果:
1.Vervet基因组工作期间,共同研制出第一个非人灵长类群体基因资源(BMC Biology, accepted)以及第一个复杂系谱Trait Mapping
2.DNA甲基化BaseSpace(云计算)-App
3.第一个非人类GWAS (Nature, 2010)

承担科研项目情况:

社会任职:

获奖及荣誉:

1.2016中组部青年千人计划
2.2015年中科院百人计划
3.2003-2008 USC 研究生 Merit Award
4.1999-2003 复旦大学人民奖学金(含一等奖1次)
5.2000 复旦大学计算机竞赛,等奖


代表论著:

1.YS Huang, V Ramensky, et al., Nelson Freimer (2015) Sequencing strategies and characterization of 721 vervet monkey genomes for future genetic analyses of medically relevant traits. BMC Biology (http://www.biomedcentral.com/1741-7007/13/41/abstract  

2.MW Horton, AM Hancock*, YS Huang*, C Toomajian*, S Atwell, A Auton, NW Muliyati, A Platt, FG Sperone, BJ Vilhjálmsson, M Nordborg, JO Borevitz, J Bergelson (2012): Genome-wide patterns of genetic variation in worldwide Arabidopsis thaliana accessions from the RegMap panel. Nature Genetics 116 citations.

3.YS Huang#, M Horton, BJ Vilhjálmsson, Ü Seren, D Meng, C Meyer, MA Amer, JO Borevitz, J Bergelson, M Nordborg (2011): Analysis and visualization of Arabidopsis thaliana GWAS using web 2.0 technologies. http://arabidopsis.usc.edu/ Database 2011; (#: corresponding author) 9 citations.

4.S Atwell*, YS Huang*, BJ Vilhjálmsson*, G Willems*, M Horton, Y Li, D Meng, A Platt, A Tarone, TT. Hu, R Jiang, NW Muliyati, X Zhang, MAi Amer, I Baxter, B Brachi, J Chory, C Dean, M Debieu, J de Meaux, JR Ecker, N Faure, JM Kniskern, JD Jones, T Michael, A Nemri, F Roux, DE Salt, C Tang, M Todesco, MB Traw, D Weigel, P Marjoram, JO Borevitz, J Bergelson, M Nordborg (2010): Genome-wide association study of 107 phenotypes in a common set of Arabidopsis thaliana inbred lines. Nature (*: equal contribution.)  577 citations.

5.A Platt, M Horton*, YS Huang*, Y Li*, A Anastasio, NW Mulyati, J Ågren, O Bossdorf, D Byers, K Donohue, M Dunning, E Holub, A Hudson, V Le Corre, O Loudet, F Roux, N Warthmann, D Weigel, L Rivero, R Scholl, M Nordborg, J Bergelson, JO. Borevitz (2010): The Scale of Population Structure in Arabidopsis thaliana. Plos Genetics (*: equal contribution.) 144 citations.

6.Y Huang*, H Li*, H Hu, X Yan, MS. Waterman, H Huang and XJ Zhou (2007): Systematic discovery of functional modules and context-specific functional annotation of human genome. Bioinformatics (ISMB 2007) 23:i222-229. (*: equal contribution.) 62 citations.