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研究队伍
姓 名:
 朱维良
性 别:
 男
职 称:
 研究员
学 历:
 博士
电 话:
 021-50806600-1205
传 真:
 
电子邮件:
 wlzhu@simm.ac.cn
个人主页:
通讯地址:
 上海市祖冲之路555号 201203
简历:

朱维良,现任中国科学院上海药物研究所“百人计划”研究员,博士生导师,课题组长。主要研究内容为计算机辅助药物设计、计算生物学及药物化学等,特别注重药物设计及计算生物学的方法发展和软件开发,并将计算模拟结果应用于活性化合物的发现及药物先导化合物的优化工作中,实现理论与实验研究互相促进,目的是提高药物设计的理论研究水平和药物分子设计与结构优化的效率。针对糖尿病、肿瘤及传染性疾病等重要疾病靶标蛋白开展药物设计及结构优化研究,发现了一系列活性化合物;针对具有显著药效的中草药活性成分,综合应用计算模拟结合药物化学及药理学技术开展创新药物研究;应用高通量计算模拟方法开展老药新用途研究。分别主持了十二•五国家重大新药创造专项子课题、十一•五及十二•五国家863课题、十•五国家科技攻关项目、国家自然科学基金、上海市科委基础重大等一系列科研课题。并先后与比利时UCB、辉瑞等国内外医药企业开展合作研究,课题组目前承担的国家及国内外合作科研项目10余项。共发表SCI研究论文120余篇,申请国家发明专利20多项,应邀在国内外学术大会上做报告30余次。

教育经历
1995.9 – 1998.5 中国科学院上海药物研究所博士研究生
1986.9 - 1988.6 苏州大学化学系物理化学专业研究生
1979.9 - 1983.6 扬州师范学院化学系

工作经历
2004.7 - 至今 中国科学院上海药物研究所
1998.5 - 2004.7 新加坡理工学院
1988.7 - 1995.8 扬州大学农学院
1983.8 - 1986.8 扬州大学农学院


研究方向:
本课题组的主要研究领域包括三个方向:
1. 药物设计理论和方法研究
2. 生物大分子的结构与功能模拟及方法发展
3. 药物分子设计与先导化合物结构优化(药物设计概念验证研究)

课题组特别注重药物设计及计算生物学的方法发展和软件开发,并将计算模拟结果应用于活性化合物的发现及优化工作中,具有理论模拟与实验验证相结合的特色。研究策略是在充分模拟靶标功能机制的基础上,深入研究靶标配体之间的复杂相互作用,并开展概念验证,实现理论与实验研究互相促进,从而提高药物设计的理论研究水平和药物设计与结构优化效率。

专家类别:
研究员、百人计划

职务:
药物发现与设计中心主任、研究组长、博士生导师

科研成果:

1. 药物分子设计理论基础、方法及应用研究
 (1)卤键及其在药物设计中的作用
 (2)阳离子-阳离子作用
 (3)基于配体-靶标复合物结构的先导化合物活性优化方法

2. 计算生物学研究与模拟方法发展
 (1) NUMD模拟方法发展
 (2)膜蛋白的结构功能研究模拟
 (3)分子动力学模拟中的电荷问题
 (4)蛋白质折叠
 (5)靶标预测

3. 药物发现与先导化合物结构优化(药物设计概念验证研究) 
 (1)抗肿瘤活性化合物
 (2)抗糖尿病活性化合物
 (3)抗结核杆菌活性化合物的研究
 (4)登革及SARS病毒蛋白酶抑制剂
 (5)课题组还开展了针对乙肝、哮喘、神经保护、抗黑色素生成等的药物研发工作


承担科研项目情况:
  1. 863,新药研发与蛋白质折叠数值模拟软件系统及应用,项目负责人,2012-2015
  2. 创新药物研究重大专项,基于B-Raf激酶V600E突变体的抗肿瘤候选药物研究,项目负责人,2012-2015
  3. 国家自然科学基金,卤键打分函数及其在药物设计中的应用研究,项目负责人,2013-2016
  4. 国家自然科学基金,蛋白质大规模构象变化的模拟方法发展及应用研究,项目负责人(邵强),2014-2017
  5. 国家自然科学基金,基于虚拟活性谱的药物重定位研究,项目负责人(徐志建),2014-2017
  6. 所级国际课题,计算生物学方法发展与应用,项目负责人,2012-2015
  7. 上海市科委,基于氮取代异喹啉酮骨架的抗肿瘤药物发现与优化研究,项目负责人,2014-2017
  8. 国际合作,中国被忽视热带病防治关键技术国际合作研究,参研人员,2014-2017 

社会任职:

《药学学报》编委
中国化学会计算机化学专业委员会委员
在过去的5年中应邀在国内外学术会议上做学术报告25次


获奖及荣誉:

代表论著:
  1. Zhijian Xu, Zhuo Yang, Yingtao Liu, Yunxiang Lu, Kaixian Chen, Weiliang Zhu, Halogen Bond: Its Role beyond Drug–Target Binding Affinity for Drug Discovery and Development, J. Chem. Inf. Model., 2014, 54, 69–78
  2. Jinan Wang, Qiang Shao, Zhijian Xu, Yingtao Liu, Zhuo Yang, Benjamin P. Cossins, Hualiang Jiang, Kaixian Chen, Jiye Shi, Weiliang Zhu, Exploring Transition Pathway and Free-Energy Profile of Large-Scale Protein Conformational Change by Combining Normal Mode Analysis and Umbrella Sampling Molecular Dynamics, J. Phys. Chem. B, 2014, 118, 134–143
  3. Bo Li, Gaihong Wang, Zhijian Xu, Yong Zhang, Xiangui Huang, Bubing Zeng, Kaixian Chen, Jiye Shi, Heyao Wang, Weiliang Zhu, Discovery of N-substituted 3-arylisoquinolone derivatives as antitumor agents originating from O-substituted 3-arylisoquinolines via [2,3] or [3,3] rearrangement, European Journal of Medicinal Chemistry, 2014, 77, 204–210
  4. Qiang Shao, Jinan Wang, Jiye Shi, Weiliang Zhu, The universality of β-hairpin misfolding indicated by molecular dynamics simulations, The Journal of Chemical Physics, 2013, 139, 165103
  5. Bo Li, Gaihong Wang, Mu Yang, Zhijian Xu, Bubing Zeng, Heyao Wang, Jingshan Shen, Kaixian Chen, Weiliang Zhu, Overman rearrangement and PomeranzeFritsch reaction for the synthesis of benzoazepinoisoquinolones to discover novel antitumor agents, European Journal of Medicinal Chemistry, 2013, 70, 677-684
  6. Yingtao Liu, Zhijian Xu, Zhuo Yang, Kaixian Chen, Weiliang Zhu, A knowledge-based halogen bonding scoring function for predicting protein-ligand interactions, J Mol Model, 2013, 19, 5015-5030
  7. Jinan Wang, Tim Fulford, Qiang Shao, Arnaud Javelle, Huaiyu Yang, Weiliang Zhu*,Mike Merrick*.Ammonium transport proteins with changes in one of the conserved pore histidines have different performance in ammonia and methylamine conduction. PLoS One. 2013,8(5),e62745
  8. Zhengyan Zhang, Zhijian Xu, Zhuo Yang, Yingtao Liu,Jin’an Wang,Qiang Shao, Shujin Li,* Yunxiang Lu,* and Weiliang Zhu*.The stabilization effect of dielectric constant and acidic amino acids on arginine-arginine (Arg-Arg) pairings: database survey and computational studies. J Phys Chem B. 2013,117(17),4827-35.
  9. Xiuming Xiong, Zhijian Xu, Zhuo Yang, Yingtao Liu, Di Wang, Mei Dong, Emily J. Parker,* Weiliang Zhu*. Key targets and relevant inhibitors for the drug discovery of tuberculosis. Curr Drug Targets. 2013,14(6),676-99
  10. Di Wang, Xuelian Zhu, Changjun Cui, Mei Dong, Hualiang Jiang, Zhengming Li, Zhen Liu,*Weiliang Zhu,* and Jian-Guo Wang*.Discovery of novel acetohydroxyacid synthase inhibitors as active agents against Mycobacterium tuberculosis by virtual screening and bioassay. J Chem Inf Model. 2013 ,53(2),343-53
  11. Jing Deng, Ning Li, Hongchuan Liu, Zhili Zuo, Oi Wah Liew, Weijun Xu, Gang Chen, Xiankun Tong, Wei Tang*, Jin Zhu, Jianping Zuo, Hualiang Jiang, Cai-Guang Yang*, Jian Li*, Weiliang Zhu*, Discovery of Novel Small Molecule Inhibitors of Dengue Viral NS2BNS3 Protease Using Virtual Screening and Scaffold Hopping, J. Med. Chem. 2012, 55, 6278 - 6293
  12. Qiang Shao*, Jiye Shi, Weiliang Zhu*, Enhanced sampling molecular dynamics simulation captures experimentally suggested intermediate and unfolded states in the folding pathway of Trp-cage miniprotein. J. Chem. Phys. 2012, 137, 125013/1-125013/10.
  13. Zhijian Xu, Guirui Yan, Gaihong Wang, Bo Li, Jianming Zhu, Peng Sun, Xiaodong Zhang, Cheng Luo, Heyao Wang*, Weiliang Zhu*, Combining pharmacophore, docking and substructure search approaches to identify and optimize novel B-Raf(V600E) inhibitors, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2012, 22, 5428-5437.
  14. Jing Deng, Enguang Feng, Sheng Ma, Yan Zhang, Xiaofeng Liu, Honglin Li, Huang Huang, Jin Zhu, Weiliang Zhu, Xu Shen, Liyan Miao, Hong Liu, Hualiang Jiang, Jian Li. Design and Synthesis of Small Molecule RhoA Inhibitors: A New Promising Therapy for Cardiovascular Diseases? J. Med. Chem. 2011, 54, 4508-4522
  15. Zhijian Xu1, Zheng Liu1, Tong Chen1, Tiantian Chen, Zhen Wang, Guanghui Tian, Jing Shi, Xuelan Wang, Yunxiang Lu, Xiuhua Yan, Guan Wang, Hualiang Jiang, Kaixian Chen, Shudong Wang, Yechun Xu*, Jingshan Shen*, Weilang Zhu*, Utilization of Halogen Bond in Lead Optimization: a Case Study of Rational Design of Potent Phosphodiesterase Type 5 (PDE5) Inhibitors, J. Med. Chem., 2011, 54 (15), 5607–5611
  16. Yunxiang Lu, Yong Wang and Weiliang Zhu*, Nonbonding interactions of organic halogens in biological systems: implications for drug discovery and biomolecular design, Physical Chemistry Chemical Physics, 2010, 12, 4543 - 4551.
  17. Zhi Chen, Guanghui Tian, Zhen Wang, Hualiang Jiang, Jingshan Shen*, and Weiliang Zhu*, Multiple Pharmacophore Models Combined with Molecular Docking: A Reliable Way for Efficiently Identifying Novel PDE4 Inhibitors with High Structural Diversity, J. Chem. Inf. Model., 2010, 50, 615-625
  18. Yunxiang Lu, Yong Wang, Zhijian Xu, Xiuhua Yan, Xiaoming Luo, Hualiang Jiang, and Weiliang Zhu*, C−X•••H Contacts in Biomolecular Systems: How They Contribute to Protein-Ligand Binding Affinity? J. Phys. Chem. (B), 2009, 113, 12615–12621.
  19. Yunxiang Lu, Ting Shi, Yong Wang, Huaiyu Yang, Xiuhua Yan, Xiaoming Luo, Hualiang Jiang, Weiliang Zhu*, Halogen Bonding — A Novel Interaction for Rational Drug Design, J. Med. Chem., 2009, 52, 2854–2862.
  20. Zhili Zuo, Oi Wah Liew, Gang Chen, Pek Ching Jenny Chong, Siew Hui Lee, Kaixian Chen, Hualiang Jiang, Chum Mok Puah*, Weiliang Zhu*, Mechanism of NS2B-mediated activation of NS3pro in Dengue Virus: Molecular Dynamics Simulations and Bioassay Studies, J. Virology, 2009, 83, 1060-1070